В компьютере одна видеокарта встроена в материнскую плату, а одна подключена как плата расширения. Будет ли такая система работать?

В некоторых материнских платах встроенная видеокарта автоматически отключается при подключении внешней видеокарты к слоту AGP или PCI-Express. Обратитесь к инструкции по Вашей материнской плате. Если Вам удалось добиться одновременной работы этих видеокарт в Windows - значит, и программа FriendlySeats у Вас будет работать нормально.